Stuktur organisasi Badan Ketahanan Pangan Propinsi Jawa Timur mengalami perubahan berdasarkan Peraturan Daerah Propinsi Jawa Timur Nomor: 10 Tahun 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah dan Lembaga Teknis Daerah Propinsi Jawa Timur. Struktur Organisasi tersebut adalah:

Struktur organisasi yang baru: